На главную
К второму семестру

Работа в командной строке Linux



информация о записи CYB5_CHICK банка SwissProt
информация о программе "infoseq"
Информация о директории (одной из первого семестра) с помощью команды ls:
файлы отсортированы по времени
файлы отсортированы по времени, отображается вся информация
файлы отсортированы по размеру, вся информация











Поисковые системы SRS, MRS, UniProt





Мой белок Copper chaperone copZ

Особенности баз данных:
Mrs Информация о вторичных структурах (включая номера а.о.). Нет иллюстраций. Последовательность записана в формате PIR

Srs Дополнительно имеет илююстрацию. Имеются различные форматы записи последовательности

UniProt Имеется иллюстрация. Информации меньше. Форматы Fasta и Pir.

1) Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
    8 таксонов начинающихся на "gam":
    gambusia, gammacoronavirus, gammaherpesvirinae, gammalipothrixvirus, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea
2) Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
    Гамма-протеобактерии=gammaproteobacteria
3) Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
    120605 записи



Запросы

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
  chaperone
  ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & [swissprot-AllText:chaperone*])
 
 4524
 Copper chaperone
  ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-AllText:Copper*] & [swissprot-AllText:chaperone*]) | [swissprot-AllText:Copper chaperone*]))
 4
 Copper ion binding
  ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-AllText:Copper*] & [swissprot-AllText:ion*]) & [swissprot-AllText:binding*]) | [swissprot-AllText:Copper ion binding*]))
  14
 ion binding
  ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ([swissprot-AllText:ion*] & [swissprot-AllText:binding*]))
 4586
1) Выбран CBPA_SALTY по второму запросу.

2) За последние три года 9 публикаций о моем белке.


3) Найдено 27 статей, опубликованных А.А.Нейфахом в 1970-е годы Запрос: Authors: Ne**fa**,A.A. Year: 1970:1979 Интересующие темы для автора: РНК, митоз, ядро.







PubMed

Мой белок Copper chaperone copZ. Найдено 50 статей. Список статьей
Выбранная статья "1. FEMS Microbiol Lett. 2009 Nov;302(1):69-75. Epub 2009 Oct 26." Аннотация статьи
Последний автор статьи- Solioz M.
Число публикаций автора за последние 3 года(2007-2009) - 9
Список статьей

1) "shingle" PubMed распознает как "sherpes zoster"
Список аннотаций на статьи об опоясывающем лишае
2) Поиск публикаций о кровотечении из носа (nosebleed) при гипертонии (hypertension)
"Nosebleed" PubMed распознает как "epistaxis"
Список статьей
3) Поиск публикаций о генетически модифицированной еде (genetically modified food).
Список аннотаций на статьи о генетически модифицированной еде
4) Зуб мудрости по-английски - Wisdom tooth.
Определение: "The aftermost permanent tooth on each side in the maxilla and mandible."